OligoEvaluator™，用于分析DNA或RNA引物
OligoEvaluator 是一种寡核苷酸引物分析工具，用于分析二级结构、引物二聚体的形成和寡核苷酸的物理特征。
很高兴为您提供我们的在线寡核苷酸序列计算器OligoEvaluator™，让您可获取PCR引物分析参数：
- 碱基数
- 分子量
- 消光系数
- 寡核苷酸类型
- 260 nm处µg/OD值
- 长度(bp)
- 引物熔解温度Tm (°C)
- GC含量(%)
- GC钳
- 运行长度（bp）
- 二级结构
- 引物二聚体检查
- BLAST序列链接
OligoEvaluator™简单易用：选择DNA或RNA，粘贴您的序列并点击“计算”，即可返回相应的值。所有报告的属性均可导出到便捷式的Excel模板中。
计算寡核苷酸的属性、重悬及稀释度
OligoEvaluator™由三个模块组成。可一次性选择最多10条引物来进行分析并查看完整的属性信息。Resuspension和Dilution是OligoEvaluator™中的独立计算器模块。
| 模块 | 功能 |
|---|---|
| Analysis | 一次性输入最多10条序列，工具会返回所有主要物理属性的值，例如分子量、熔解温度、二级结构和引物二聚体形成（二级结构和引物二聚体的形成信息会以易于解读的文字格式提供，如二级结构--强） |
| Resuspension | 输入量、所需浓度和分子量信息，此工具将会返回寡核苷酸干粉重悬所需的水或缓冲液体积 |
| Dilution | 输入储存液（重悬液）浓度、所需终体积及所需终浓度，工具将会返回稀释所需的储存液体积。 |
计算器高级功能 | |
|---|---|
| 特色 | 描述 |
| 反应条件 | 查看二级结构分析以及引物二聚体形成，检查是否存在有问题的折叠。 |
| BLAST搜索 | 检查寡核苷酸序列同源性 |
反应条件
OligoEvaluator™计算器中所用的定义和值
| 参数 | 值 |
|---|---|
| 寡核苷酸浓度 | 默认值 = 250.0 nM. |
| 单价离子浓度 | 这是反应混合液中存在的所有单价离子，如K+的浓度。K+ 可通过降低带负电的引物和模板骨架间电荷排斥而促进退火。 默认值 = 100.0 nM。 |
| 游离Mg++离子浓度 | 这是反应混合液中存在的Mg2+（镁离子）浓度。Mg2+是热稳定性DNA聚合酶所需的一种辅因子。 默认值 = 5.0 nM。 |
| 总 Na[+] 当量 | 钠当量按如下方法进行计算： [Na+] = 单价离子浓度 + 4 × (游离Mg2+) 1/2 (均以摩尔数) 默认值 = 382.84 mM |
| 用于自由能计算的温度 | 这用于计算公式中的Gibbs自由能（ΔG）：ΔG = ΔH - T ΔS. 默认值 = 25.0 °C (298K)。 |
如何计算引物的退火温度？
OligoEvaluator™可提供寡核苷酸的熔解温度。仅需在计算器的Analysis模块中输入序列便可在第七栏中找到Tm。退火温度通常会比Tm值低几度。您可在 寡核苷酸熔解温度这篇文章中了解到更多详细信息。
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